水利工程管理是指在深入了解水利工程的性质和具体作用的基础上，尽最大可能趋利避害，充分发挥水利工程的社会效益和经济效益，加强对水利工程的引导和管理。对水利工程管理应作应为一个整体来考虑，在项目生命周期中将水利工程建设和运行管理有机结合起来，从而提高水利工程管理水平，使水利工程的功能的充分发挥。
一、水利水电工程的现状
水利水电工程管理中由于管理单位机制不活、管理体制不顺。目前很多水利水电工程为综合利用工程。有经营开发功能，又有公益性功能，经营性资产和公益性资产混合在一起，无条理性。各个管理部门之间管理关系不顺，权利不明确，内部也缺少约束机制和激励，致使大多数管理单位亏损经营。明确权利和责任，正确把握原则，规范水利工程管理，充分发挥单位的创作性和积极性，建立经营规范、科学管理的水利管理单位的运行机制，遵循市场经济要求、保证社会效益，建立市场化、社会化和专业化的水利工程管理体系，按权限维护工程安全。建立规范端正的资金管理、监制、投入和使用机制。
二、水利水电工程管理的改进措施
1、建立全新的水利工程管理体制，保障水利管理工作的开展
在水利工程管理中，资产单位必须为水利水电工程管理和维修提供充足的管理经费，保证管理工作的顺利实施，必须由相关的地方政府予以监督。水利工程管理和维修费用的落实是实现水利工程有效管理的前提，在水利管理改革中，资产方必须根据水利工程单位的性质和类别，核定管理技术人员的工资，以及根据照《水利工程维修养护定额标准》(以下简称《定额标准》)核定水利工程维修养护经费。这些费用，水利水电工程的资产方必须要予以落实，从根本上改变我国长期的水利工程管理费用的缺少的现状，如果，经费不足，管理技术人员很难将出现的隐患及时排除，工程老化比较严重，严重影响工程的使用寿命，甚至会危及到人民的生命财产安全。
2、改变水利工程的管理运行模式，提高水利工程的作用
在管理中要明确权责，分级管理。为加强水利工程的日常管理，管理单位的技术人员根据所管理的水利工程制定《水利工程管理条例》，明晰各级管理单位和相关的管理技术人员的管理责任和权限，对于管理中存在的模糊地方，必须要予以明确。同时组建一个管理监督小组负责检查管理人员在水利工程的管理上的执行力，统一分发和调度管理费用的使用，所有的管理行为必须要科学合理。
为了增加水利水电工程的费用来源，管理单位可以根据水利工程的自身优势，开展多种经营模式。水利工程的职能主要是承担防洪、灌溉等作用，依靠资产方提供的费用的调度，对于水利工程的管理或多或少地有影响，管理单位可以根据水利工程的优势，挖掘潜力，在不影响水利工程使用的前提下开展多种经营，增加管理费用的来源。例如，做好水利工程的休闲旅游产业的发展，这些都不会影响水利工程的使用，还能够拉动当地的消费，促进经济的发展;利用砂石资源，每年水利工程区域在洪汛期都会带来大量的砂石，给水利工程带来了安全隐患，以及影响它的职能。管理单位可以委托砂石开采公司，运用市场化模式，对砂石进行合理有序地开采。这样管理单位不仅加强了水利工程的管理，减少了对砂石清理的费用的开支，还提高了管理类单位的经济效益。管理单位需要加强采砂石的地点和采砂石深度的控制，避免对水利工程造成损害。
